Phân hiệu Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Hà Nội tại Tỉnh Thanh Hóa, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức được quy định tại Quyết định số 638/QĐ-BTNMT của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ngày 01 tháng 3 năm 2018 trong đó quy định.

I. Tổ chức Đảng, Đoàn thể

1. Đảng ủy: 

- Bí thư: ThS. Lê Hữu Lương

- Phó Bí thư: ThS. Lê Anh Tài

2. Các Ban của Đảng, các Đoàn thể chính trị

II. Chính quyền

1. Ban giám đốc gồm:

- Phó Giám đốc : TS. Trần Xuân Biên (Phụ trách Phân hiệu)

- Phó Giám đốc: TS. Lê Anh Trung

2. Các phòng chức năng: 04 phòng chức năng                  

3. Các khoa: 04 khoa chuyên môn.

 Hệ thống cơ cấu tổ chức của Phân hiệu như sau